超聲波掃描顯微鏡的兩個偏振濾光片互為90°，以獲得所謂的“暗位”，此時視野是全黑的，如果樣品在光學上表現為各向同性(單折射體)，則無論怎樣旋轉載物臺，視場仍是黑暗，這是因為起偏鏡所形成的線偏振光的振動方向不發生變化，根據馬呂斯定律，透射光的強度為0。如果樣品具有雙折射特性，則視野會變亮，這是由于從起偏鏡射出的線偏振光進入雙折射體后，產生振動方向不同的兩種直線偏振光(o光和e光)，當這兩種光通過檢偏鏡時，由于e光并不服從折射定律，其與檢偏鏡偏振方向不是90°，所以可透過檢偏鏡，視野上就可以看到明亮的象。
超聲波掃描顯微鏡的應用：
生物領域：在生物體中，不同的纖維蛋白結構顯示出明顯的各向異性，使用超聲波掃描顯微鏡可得到這些纖維中分子排列的詳細情況。如膠原蛋白、細胞分裂時的紡綞絲等。
各種生物和非生物材料鑒定：如淀粉性質鑒定、藥品成分鑒定、液晶、DNA晶體等。
地礦分析：如種礦物及結晶體的分析。
醫學分析：如結石、尿酸晶體檢測、關節炎等。
材料顯微組織的各項同性和異性等。
超聲波掃描顯微鏡使用的注意事項：
1、調焦時注意不要使物鏡碰到試樣，以免劃傷物鏡。
2、當載物臺墊片圓孔中心的位置靠近物鏡中心位置時不要切換物鏡，以免劃傷物鏡。
3、亮度調整切忌忽大忽小，也不要過亮，影響燈泡的使用壽命，同時也有損視力。
4、所有(功能)切換，動作要輕，要到位。
5、關機時要將亮度調到小。
6、關機不使用時，將物鏡通過調焦機構調整到低狀態。
7、關機不使用時，不要立即該蓋防塵罩，待冷卻后再蓋，注意防火。
